ChemWindow 6: Циклические структуры
Инструментарий для рисования циклических структур распределен сразу по нескольким панелям (Standard, Other, Template).
В наличии присутствуют циклы с числом атомов от трех до восьми:
Пятичленный цикл представлен в двух вариантах, ассиметричная форма которого (неправильный пятиугольник), вместе с трех- и четырехчленным (редко используемые),
находится в панели Other Tools.
Дополнительно, при необходимости, в файле шаблона Cycloalkanes.cwt можно найти циклы с числом атомов от 9 до 30 с разной конфигурацией.
Кроме того, инструменты для рисования бензола представлены двумя формами: ароматической 
и Кекуле 
.
Файл шаблона Aromatics.cwt также содержит все основные моно- и полициклические ненасыщенные версии циклов, а название шаблона Bicyclics.cwt говорит само за себя.
Изображения циклов наносятся обычными способами нажатия или нажатия с буксировкой. Рисование при удерживаемой клавише Alt приводит к появлению двойных связей из коротких линий внутри цикла (Кекуле-форма).
Создаваемый цикл может быть соединен с уже существующими структурами через точки связывания. Для этого нужно.
Доступ к размещенным в этом месте материалам ограничен и предоставляется следующим категориям:
1. Студент I/II курса ВХК РАН. 2. VIP-пользователь. 3. Благотворитель. 4. Студент ВШЭ.
Кроме перечисленного, напрашивается вариант рисования «Пером». Но только при реально сложных случаях.
Конформации
Основной инструментарий представлен двумя элементами для рисования конформаций циклогексана — кресло 
и ванна 
(панель Other Tools).
Также множество заготовок содержится в шаблонах Bicyclics.cwt, Conformers.cwt и Polyhedra.cwt.
Создание конформеров, как правило, не представляет каких-либо трудностей, кроме достижения комфортности восприятия. Две общих рекомендации:
- Начинать построение с заднего плана, используя в случае необходимости, команды Send To Back и Bring To Front.
- Наносить гетероатомы только после размещения всех связей и начинать это делать с наиболее насыщенного места молекулы, так как может потребоваться корректировка.
Клавиши Alt, Ctrl и Shift могут быть использованы как обычно, но востребованы на порядок больше. Дело в том, что значительная часть связей физически не может соответствовать стандартной длине и углу поворота с шагом в 15°. Также действует и переворот при возврате курсора в исходную точку.
Дополнительная информация по набору конформаций содержится в разделах «Лассо», «Связи», «Шаблоны» и «Перекрывающиеся объекты».
Copyright © 1993–2024 Мацкявичюс Д.А. Все права защищены.
Никакая часть сайта не может быть воспроизведена никаким способом без письменного разрешения правообладателя и явной ссылки на данный ресурс.
