ChemWindow 6: Циклические структуры

Инструментарий для рисования циклических структур распределен сразу по нескольким панелям (Standard, Other, Template).

В наличии присутствуют циклы с числом атомов от трех до восьми:

Пятичленный цикл представлен в двух вариантах, ассиметричная форма которого (неправильный пятиугольник), вместе с трех- и четырехчленным (редко используемые), находится в панели Other Tools.

Дополнительно, при необходимости, в файле шаблона Cycloalkanes.cwt можно найти циклы с числом атомов от 9 до 30 с разной конфигурацией.

Кроме того, инструменты для рисования бензола представлены двумя формами: ароматической и Кекуле .

Файл шаблона Aromatics.cwt также содержит все основные моно- и полициклические ненасыщенные версии циклов, а название шаблона Bicyclics.cwt говорит само за себя.

Изображения циклов наносятся обычными способами нажатия или нажатия с буксировкой. Рисование при удерживаемой клавише Alt приводит к появлению двойных связей из коротких линий внутри цикла (Кекуле-форма).

Создаваемый цикл может быть соединен с уже существующими структурами через точки связывания. Для этого нужно.


Доступ к размещенным в этом месте материалам ограничен и предоставляется следующим категориям:

  1. Студент I/II курса ВХК РАН
  2. VIP-пользователь
  3. Благотворитель
  4. Студент ВШЭ

Кроме перечисленного, напрашивается вариант рисования «Пером». Но только при реально сложных случаях.

Конформации

Основной инструментарий представлен двумя элементами для рисования конформаций циклогексана — кресло и ванна (панель Other Tools).

Также множество заготовок содержится в шаблонах Bicyclics.cwt, Conformers.cwt и Polyhedra.cwt.

Создание конформеров, как правило, не представляет каких-либо трудностей, кроме достижения комфортности восприятия. Две общих рекомендации:

  1. Начинать построение с заднего плана, используя в случае необходимости, команды Send To Back и Bring To Front.
  2. Наносить гетероатомы только после размещения всех связей и начинать это делать с наиболее насыщенного места молекулы, так как может потребоваться корректировка.

Клавиши Alt, Ctrl и Shift могут быть использованы как обычно, но востребованы на порядок больше. Дело в том, что значительная часть связей физически не может соответствовать стандартной длине и углу поворота с шагом в 15°. Также действует и переворот при возврате курсора в исходную точку.

Дополнительная информация по набору конформаций содержится в разделах «Лассо», «Связи», «Шаблоны» и «Перекрывающиеся объекты».


Copyright © 1993–2020 Мацкявичюс Д.А. Все права защищены.
Никакая часть сайта не может быть воспроизведена никаким способом без письменного разрешения правообладателя и явной ссылки на данный ресурс.